К сожалению, многие точные места захоронений, так же как и многие места расстрелов, до сих пор остаются невыявленными. Свободный поиск сведений о них в ведомственных архивах ФСБ и МВД до сих пор невозможен.
Единственными официальными документами, позволяющими достоверно установить места массовых захоронений в Москве, являются материалы переписки между органами, осуществлявшими расстрелы, и управляющими московскими кладбищами (или крематорием). Судя по ним, в 1921–26 годах расстрелянных хоронили на территории кладбища Яузской больницы (ныне больница № 23), в 1926–35 годах — на Ваганьковском кладбище, а начиная с 1934 года и по крайней мере до
Есть документы, удостоверяющие, что на этом же кладбище в конце
Кроме кладбищ начиная с 1936–37 годов в качестве мест захоронений использовались и две специально выделенные НКВД для этих нужд территории (так называемые «зоны») в ближнем Подмосковье — в поселке Бутово и в бывшем совхозе НКВД «Коммунарка». Именно здесь похоронены десятки тысяч расстрелянных в 1937–38 годах.
К сожалению, документы о захоронениях в Бутове и «Коммунарке» в фонде № 7 Центрального архива ФСК отсутствуют; скорее всего, их и не было, так как в данном случае и расстрелы, и захоронения осуществлялись одной и той же государственной структурой (НКВД), и в межведомственной переписке необходимости не возникало. Поэтому устанавливать, кто именно из расстрелянных в какой из двух «зон» похоронен, приходится на основании косвенных данных (характер предписаний и актов о расстрелах, место их хранения
Важнейшие источники (как устные, так и документальные) о захоронениях в Бутове и «Коммунарке» проанализированы в Экспертном заключении архивной службы ФСК от
За исключением перечисленных мест, официальными документами не подтверждено ни одно массовое захоронение расстрелянных в Москве. Свидетельства относительно Калитниковского, Рогожского и других кладбищ достоверны, но довольно скудны и нуждаются в подтверждении дополнительными материалами.